En 1984 se inició en la región de Sian Ka'an el proceso de formulación de un programa de manejo, con la participación de las comunidades locales y en 1987 la reserva fue declarada Patrimonio de la Humanidad por la Unesco, tiene gran importancia para la región y el mundo por los servicios ambientales que otorga, como es el caso de los reservorios de Carbono encontrados en los manglares. En 1994 y 1998 se dio la expansión de la superficie decretada, respectivamente con los decretos del Área de Protección de Flora y Fauna Uaymil y la Reserva de la Biosfera Arrecifes de Sian Ka'an; la primera con la finalidad de proteger la cuenca alta de la Bahía del Espíritu Santo y la segunda para ampliar la protección de la barrera de arrecifes de coral. La Reserva tiene una superficie de 528 mil 148 hectáreas.

Es hábitat para un gran número de aves residentes y migratorias, como el raro jabirú (Jabiru mycteria), la cigüeña más grande del continente americano que anida en el área, además de cuatro especies en peligro de extinción: el jaguar, el tapir, el manatí y el pecarí. La reserva es uno de los casos de éxito en la conservación de sus ecosistemas, se ha logrado conservar los nueve ecosistemas que existen en ella, como la selva, humedales, manglares y arrecifes de corales, además de impulsar proyectos con las comunidades que ahí habitan.

Se ha realizado la implementación de estrategias de conservación que comprenden la vigilancia, monitoreo biológico, atención a contingencias ambientales, regulación del uso del suelo, y aprovechamiento sustentable de recursos naturales, entre otros.